Abangan adalah Muslim tradisional dalam arti bahwa mereka masih menerapkan tradisional Jawa dogmatis; pencampuran Islam dengan Hindu, Buddha dan tradisi animisme. Anggota dari kelompok ini umumnya memiliki latar belakang pedesaan. Santri adalah label Muslim ortodoks. Mereka terutama dari latar belakang perkotaan dan lebih berorientasi masjid dan Al-Quran. Geertz sebenarnya juga diakui kelas ketiga, priyayi (birokrasi tradisional), tetapi karena merupakan kelas sosial daripada satu agama, itu tidak termasuk di atas.
Penyebaran Islam di Indonesia tidak harus dilihat sebagai proses cepat yang berasal dari satu asal atau sumber melainkan karena beberapa gelombang Islamisasi di koherensi dengan perkembangan internasional di dunia Islam, sebuah proses yang masih berlangsung hingga saat ini (seperti dijelaskan di atas, pedagang Muslim yang datang ke Indonesia di abad pertama era Islam dapat dianggap sebagai gelombang pertama).
Dua gelombang reformasi penting yang bertujuan untuk kembali ke Islam yang murni adalah Wahhabi dan gerakan Salafi. Wahhabisme berasal dari Saudi dan tiba di Indonesia di awal abad ke-19. Gerakan Salafi datang dari Mesir pada akhir abad ke-19. Kedua gelombang ini memiliki dampak besar pada penyebaran Islam ortodoks di nusantara.
Divisi ini masih terlihat di dua organisasi Islam paling berpengaruh di negara saat ini. Muhammadiyah, sebuah organisasi sosial yang didirikan pada tahun 1912 di Jawa, merupakan aliran Islam modernis yang tidak menyetujui mistis (tradisional) Islam Jawa itu. Saat organisasi ini memiliki sekitar 20 juta anggota. Sebagai reaksi terhadap pembentukan Muhammadiyah, pemimpin tradisional Jawa mendirikan Nahdlatul Ulama (NU) pada tahun 1926. Anggota NU dipengaruhi oleh aliran mistik atau elemen pra-Islam. Kepemimpinannya juga ditandai dengan menjadi lebih toleran terhadap agama lain. Jumlah kantor anggota saat ini sekitar 35 juta.
